En forma paralela a la rendición de cuenta de los recursos transferidos por ANID, los responsables o beneficiarios de proyectos deben declarar sus gastos en los correspondientes sistemas de declaración de gastos en línea y/o en los formularios establecidos para tal efecto, según corresponda.
Los programas de ANID revisan los gastos declarados en los sistemas, pronunciándose en cuanto a su pertinencia y concordancia con respecto a lo establecido en el respectivo proyecto y programa de gastos que lo financia (Pertinencia del Gasto).
Posteriormente a este proceso, o en forma paralela, se debe enviar a ANID en forma física la documentación que respalda los gastos declarados, proceso que se denomina Rendición de Cuentas. Estos son procesados en la Unidad de Control de Rendiciones del Departamento de Administración y Finanzas (UCR/DAF), que determina los gastos aprobados, observados o rechazados. Los gastos aprobados rebajarán la deuda que el beneficiario posea con ANID.